СТ-39 по сути тот же самый Т-39A/D/E/G... с расширеными траспортными возможностями и соответственно приплюсованной спереди буковкой С, своих подмодификаций эта ветвь не имела. Если был самолет Т-39E дооборудован в транспортный, то он стал СТ-39Е.
Сбитый 62-4448 был в плане на переоборудование в версию Cargo, но контракт не был выполнен к моменту потери, так что вернее считать его модификацию как чистый Trainer (Т-39А).