В 1980 году после окончания академии А.М. Корнуков получает назначение на Сахалин, где ему ставится задача сформировать 40-ю истребительную авиационную дивизию ВВС ДВО. Соединение было крупным: 4 истребительных авиационных полка, 14 батальонов, около 8 тысяч личного состава. Два полка – 528-й и 777-й – дислоцировались на Сахалине. Один полк, вооруженный МиГ-23, располагался на Постовой, рядом с Советской Гаванью, четвертый, на МиГ-21, – на Курильских островах. Дивизия несла ответственность за участок государственной границы почти в 5 тысяч километров: побережье вдоль Татарского пролива, Сахалин, Курилы. Площадь, прикрываемая дивизией, составляла около 1,5 миллионов квадратных километров. Этой дивизией он командовал до 1985 года.
Военно-политическая обстановка в те годы была крайне напряженной. «Шла уже не “холодная”, а “горячая” война, – вспоминает Анатолий Михайлович. – У наших границ беспрестанно курсировали боевые самолеты. Авианосные ударные группы ВМС США приближались на опасное расстояние к Курилам, бороздили Японское море, в том числе и неподалеку от Владивостока. Боевые корабли заходили даже в Охотское море, которое традиционно считается нашим внутренним...» Такая обстановка заставляла держать в большом напряжении дежурные силы и средства.
В апреле 1983 года, находясь в Тихом океане на удалении 300 километров от Южных Курил, американская авиационная ударная группа, в составе которой был авианосец «Интерпрайз», проводила плановые полеты. 4 апреля звено палубных истребителей F-14 покинуло место базирования авианосца и направилось в сторону Южных Курил. Чуть позже оно нарушило государственную границу СССР. Этот инцидент произошел в зоне ответственности дивизии А.М. Корнукова. На аэродроме Буревестник (это средняя часть Курил) базировались истребители МиГ-21, не оборудованные навигационной системой посадки. В сложных метеоусловиях шансов возвратиться на свою базу или уйти на запасной аэродром у летчиков не было. Рисковать их жизнями? А.М. Корнуков принял решение не поднимать истребители. Вскоре вышел приказ министра обороны, в котором его обвинили в нерешительности. Однако когда страсти улеглись, действия А.М. Корнукова признали целесообразными.
1 сентября 1983 года А.М. Корнуков руководил действиями боевого расчета по пресечению нарушения госграницы южнокорейским самолетом.
В 1985 А.М. Корнуков был представлен командованием ВВС на должность заместителя командующего ВВС по истребительной авиации Группы советских войск в Германии. Однако в ЦК КПСС, куда он прибыл для утверждения, решили иначе. Анатолий Михайлович направляется в Группу советских войск в Германии, но назначается на другую должность – командира 71-го истребительного авиационного корпуса ВВС, объединявшего 2 дивизии и 6 боевых полков. «Служба “стоя”» – так характеризует А.М. Корнуков 2 года (1985–1986), проведенных в Германии. Постоянная напряженность на границе, чувство переднего края, бесконечная череда сложнейших боевых учений, обязанности начальника Видштокского гарнизона с огромным учебным центром, через который в год проходило более 1 миллиона военнослужащих. Боевая подготовка летчиков велась с высочайшей интенсивностью – налет каждого летчика составлял 150–180 часов в год, полка в целом – 8,5–9 тысяч часов. Летали в любых погодных условиях, в том числе при так называемом первом минимуме (высота 50 м, видимость 1 км). Командир корпуса А.М. Корнуков не отставал от подчиненных – на МиГ-23 совершал регулярные полеты в сложных условиях.
В августе 1986 года Анатолий Михайлович становится слушателем Военной академии Генерального штаба. В 1988 году после окончания академии он готовился к новому назначению – на должность командующего 4-й воздушной армией ВВС, однако его «переманил» главком ПВО генерал армии Герой Советского Союза, Герой Социалистического Труда И.М. Третьяк. А.М. Корнуков стал первым заместителем командующего авиацией ПВО. В этот период врачи запретили ему летать. Не списали, но велели пересесть на двухместный самолет, на что Анатолий Михайлович ответил: «На двухместном сами летайте». Всего за годы службы А.М. Корнуков освоил 8 типов самолетов, налетал около 3 тысяч часов, совершил более 150 боевых вылетов из дежурного звена. К летному делу он всегда относился очень внимательно. «Конечно, особые случаи у меня, как у всякого летчика, были, – говорит Анатолий Михайлович, – но пожар или чтобы двигатель отказал – никогда. Из пилотов, которыми командовал в полку, я не потерял никого».
В июне 1989 года А.М. Корнуков назначен первым заместителем командующего отдельной армией ПВО в Хабаровске. Там же в Хабаровске с 1990 по 1991 год Анатолий Михайлович командовал 11-й отдельной армией ПВО – самой крупной в Вооруженных силах страны по боевому составу, объединявшей 2 дивизии и 4 корпуса и контролировавшей все северо-восточное и восточное побережья страны от Норильска до Владивостока. Одновременно он являлся заместителем командующего войсками военного округа (по войскам ПВО), членом Военного совета.
С 1991 по 1998 год А.М. Корнуков командует войсками Московского округа ПВО – одного из самых крупных в Вооруженных силах. Округ насчитывал в своем составе около 8 тысяч частей, размещался на территории 3 военных округов – Московского, Ленинградского, Приволжского, охватывая 29 областей и 3 автономные республики.
Московский округ ПВО (как и Вооруженные силы страны в целом) переживал трудное время. Резко сокращалась численность личного состава, остро ощущалось физическое и моральное устаревание вооружения и авиационной техники, а новая авиационная техника не поступала, финансирование было сведено к минимуму, люди (в том числе и командующий А.М. Корнуков) по 4–5 месяцев не получали зарплату. Московскому округу ПВО под командованием А.М. Корнукова удалось выстоять в этих тяжелых условиях. В округе была принята на вооружение и прошла государственные испытания автоматизированная зенитная ракетная система С-50, за что А.М. Корнуков стал лауреатом Государственной премии РФ в области науки и техники.
В 1998 году Анатолий Михайлович получает назначение на высший пост в Военно-воздушных силах страны – становится главнокомандующим ВВС РФ. В этой должности он проработал до 2002 года.
Перед новым главкомом стояли беспрецедентные по сложности, масштабности и ответственности задачи. На его долю выпало объединение Войск ПВО страны и ВВС в единый вид – ВВС России. Только численность личного состава предстояло сократить на 125 тысяч, что было равносильно ликвидации целой армии среднего европейского государства. Решения надо было принимать оперативно, беря на себя всю ответственность, ибо даже незначительное промедление, связанное с согласованием того или иного вопроса, приводило к срывам в работе.
В общей сложности на новые базы было переброшено свыше 8 тысяч единиц и около 550 железнодорожных составов авиационной техники, осуществлена переброска с Севера техники зенитно-ракетных войск санным путем – по замерзшим рекам Лена, Обь, Енисей. Процесс стабилизации, адаптации и интеграции обоих видов войск в целом завершился за 2 года. Этого удалось добиться во многом благодаря взвешенной кадровой политике, которую проводил А.М. Корнуков.
Ситуация в ВВС оставалась тяжелой: отрасль недостаточно финансировалась, средний возраст летчиков составлял 35–40 лет. Молодежь не была готова к решению поставленных задач, техника физически и морально устарела. Все это требовало принятия решительных и безотлагательных мер.
В 1998 году под руководством А.М. Корнукова начинается интенсивная модернизация самолетов фронтовой авиации – Су-30, Су-27УБ, Су-24М, Су-25, МиГ-29. При этом ставились задачи обеспечить многофункциональность, всепогодность и круглосуточность боевых авиационных комплексов, перехода к высокоточным боеприпасам и высокоточному применению обычных средств поражения, интеллектуализации борта.
Несомненной заслугой А.М. Корнукова на посту главнокомандующего ВВС РФ является то, что оперативная и боевая подготовка не свертывалась даже в самые тяжелые времена. Боевой потенциал ВВС удалось сохранить.
В августе 2001 года по инициативе А.М. Корнукова на базе Государственного летно-испытательного центра в Ахтубинске прошли демонстрационные полеты модернизированных образцов военных самолетов, на которых присутствовали представители из 88 стран мира (с рядом из них были заключены крупные международные контракты). Модернизировалась система С-300 по программе «Фаворит», проделана большая работа в области средств автоматизации, в частности на пунктах управления установлены высокоэффективные комплексы оперативно-тактического звена «Универсал».
Особое внимание А.М. Корнуков уделял повышению безопасности полетов. В результате более чем в 2 раза сократилось число случаев гибели военнослужащих при выполнении своих обязанностей. Это – лучший показатель в Вооруженных силах страны.
Генерал армии запаса А.М. Корнуков является советником генерального директора НПО «Алмаз» по вопросам военно-технической политики. В НПО «Алмаз» на общественных началах принимает участие в работе вневедомственного экспертного совета по проблемам ВКО. Анатолий Михайлович является почетным председателем координационного комитета ПВО стран СНГ. При его непосредственном участии созданы советы ветеранов ВВС и ПВО.
Анатолий Михайлович – кандидат военных наук, профессор, автор научного труда «Основы оперативного применения ВВС».
А.М. Корнуков награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» III (2002) и IV (2000) степени, «За военные заслуги» (1996), «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» II (1990) и III (1975) степени, 30 медалями.
Анатолий Михайлович любит лирическую музыку, хорошую литературу, семейный отдых на природе.
Скончался 1 июля 2014 года. Похоронен с воинскими почестями на Троекуровском кладбище. 1 июля 2015 года на могиле установлен памятник..



На Кубинке.



На встрече выпускников ЧВВАУЛ в Чернигове.