Уважаемый, mrdetonator!
К сожалению особой помощи в поиске ответов на Ваши вопросы я оказать не могу, так как подробное изучение истории МиГ-23 пока не входит в круг моих интересов. Мне самому было интересно узнать от PPV, что МиГ-23МЛА был принят на вооружение под прежним названием МиГ-23МЛ. Да и возможности «порыться в архивах производителя» у меня нет. Кто же туда пустит постороннего человека. Что касается упомянутых мною данных по серийному выпуску МиГ-23МЛД, то для того, чтобы с ними ознакомиться, не обязательно посещать архив завода-производителя. Достаточно побывать на экскурсии в музее ОКБ МиГ, где не только можно услышать много интересного, но и увидеть архивную справку завода-изготовителя по выпуску МиГ-23.
Тем не менее, постараюсь высказать некоторые свои соображения по поставленным Вами вопросам, так как попытки узнать более точные ответы на них у коллег не увенчались успехом.
1. Относительно приведённой Вами схемы МиГ-23 из очень старой инструкции по лётной эксплуатации самолёта МиГ-23МФ.
К сожалению, я эту инструкцию не видел и не знаю её содержание. Предполагаю, что данная схема в ней приведена исключительно для иллюстрации геометрических размеров самолёта, а не состава его вооружения. При составлении технических описаний, инструкций и т.п. очень часто используют иллюстрации, которые готовили для предшествующих модификаций самолёта. Особенно это актуально для первых выпусков эксплуатационной документации, когда иллюстративный материал, касающийся непосредственно серийных машин, ещё в дефиците. Вот в ход и шли иллюстрации даже из документации опытных самолётов.
Таких примеров масса. Даже в техописании МиГ-21бис можно найти картинки из ТО предшественников. Например, на схеме эксплуатационных точек топливной системы красуется схематическое изображение МиГ-21ПФ. В Инструкции по технической эксплуатации и обслуживанию МиГ-21бис также есть схемы с изображением ПФа. Это же не значит, что теперь надо ломать голову, чтобы выяснить, когда и сколько выпустили МиГ-21бис с накладным баком, килём, креслом СК и размещением тормозного парашюта как у МиГ-21ПФ.
2. С самого начала в составе штатного вооружения МиГ-23 ракет Р-23 было только ДВЕ и они размещались под крылом. Подвеска ещё двух Р-23 под фюзеляжем рассматривалась как ПЕРЕГРУЗОЧНЫЙ вариант. Отработку АКУ-23К (именно АКУ, а не АПУ) и АКУ-23Ф в составе системы вооружения С-23 предполагалось вести, начиная с третьего опытного экземпляра МиГ-23 (23-11/3). Данный самолёт сейчас экспонируется в Центральном музее ВВС в Монино с не своим бортовым номером 231. Фото этой ОПЫТНОЙ машины как раз и приведено Вами в коллаже. На фото опытного МиГ-23 (23-11/2) с бортовым номером 232 в указанном Вами месте никаких антенн нет, а видна лишь приёмная часть какого-то датчика (может быть температуры, точно не знаю) на нижней части воздухозаборника. Для наглядности ниже привожу указанное место крупным планом.
Назначение отмеченных Вами на фото антенн на фюзеляже у воздухозаборника не знаю, но предполагаю, что они не связаны с применением ракет Р-23.
3. Так как освоение серийного производства МиГ-23 было начато ещё до завершения всего цикла испытаний, то в конструкции фюзеляжа серийных машин естественно были предусмотрены углубления для рулей ракеты Р-23. Однако по каким-то причинам от применения АКУ отказались, как и от перегрузочного варианта вооружения, оставив лишь в штате АПУ-23-11. Тратить деньги на переделку заводской оснастки, скорее всего, сочли не резонным. Вот и кочевали углубления с модификации на модификацию. Их убрали, проводя облегчение конструкции самолёта МиГ-23МЛ.
P.S. Надеюсь мой ответ, хоть чем-то поможет Вам в решении загадки. И может быть всё-таки кто-то ещё, больше знающий о МиГ-23, всё же поможет найти правильное её решение.
С уважением и наилучшими пожеланиями,
Migarius