В декабре 1985 года начались летные испытания дальнего самолета-разведчика Ту-22М3Р, спроектированного на базе Ту-22М3. Новый разведчик предназначался для замены в строевых частях самолетов Ту-22Р. Самолет-разведчик, предназначенный для для действий на сухопутных и морских ТВД, оснащался современным комплексом разведывательного оборудования, который в сочетании с высокими летными качествами самолета-носителя, обеспечивал значительное увеличение эффективности воздушной разведки. В оборудование входили РЛС бокового обзора, размещенная в гондоле под фюзеляжем, система радиотехнической разведки, тепловизионная разведывательная система, а также средства фоторазведки. В 1989 году самолет-разведчик под обозначением Ту-22МР передали в серийное производство. Построено или переоборудовано в разведывательный вариант из бомбардировщиков Ту-22М3
12 самолетов. Аналогичным образом с 1994 г. модернизируется в самолеты-разведчики и часть бомбардировщиков Ту-22М2.