Добролет там цитирует приказ по заводу, где говорится именно о 1001 серии, и говорит, что девятого типа (между Ер-2ОН и Ту-2) не было. А приказ - это первичный документ, на который надо опираться в понимании логики номера. Можно, конечно, предположить, что на заводе не все знали о том, как получается номер, в обиходе называли это "серией", и это дошло аж до приказов по заводу. Но, думаю, у этого предположения вероятность меньше, чем у того, что была общая нумерация, а каждому типу выделяли свой диапазон в номерах серий, притом эти диапазоны были кратны 100.