ну может с Шойгу я и не очень разобрался(хотя ссылки были)
но вот другой документ
http://www.rg.ru/2004/09/08/nastavl-doc.html

так кто всеже хозяин этой службы если издаются совместные приказы
если пишется-не МО РФ а при МО РФ
и в тексте одного из документов сказано-
управление является государственным учреждением при МО РФ
вот уж загадка